Essa, todavia, não foi a primeira vez que ele esteve como vice-prefeito de João Pessoa. Quando Ricardo Coutinho foi eleito prefeito em 2004, Manoel Júnior era o seu vice. Ocupou o cargo entre 2005 e janeiro de 2007, renunciando para ocupar vaga na Câmara dos Deputados.
Além dos cargos eletivos, ele foi também também presidente da Federação das Associações dos Municípios da Paraíba (Famup) entre 1997 e 2002 e secretário-geral da Confederação Nacional dos Municípios (CNM) entre 1998 e 2002.
